Paper2Agent : Stanford convertit les articles en agents MCP

Jiacheng Miao et James Zou, de Stanford Medicine, publient dans Nature du 16 septembre un pipeline qui convertit un article scientifique, avec son code, ses données et ses workflows, en agent IA exposé via Model Context Protocol (MCP) et interrogeable en langage naturel. Deux agents bâtis chacun sur un article différent, l'un sur l'outil génomique AlphaGenome, l'autre sur une étude GWAS du TDAH, ont conjointement isolé le variant rs1626703 près de MPHOSPH9, retenu parmi 209 candidats, comme mécanisme causal plausible du risque de TDAH via une altération du splicing dans les neurones glutamatergiques.

Miao, postdoc et premier auteur, et Zou, professeur associé de biomedical data science et auteur senior, présentent Paper2Agent comme une bascule des artefacts passifs vers des systèmes actifs. "For essentially all of human history, the way that we represent knowledge is in the form of these very passive artifacts," dit Zou à Tech Xplore. "An MCP lets AI essentially represent a paper PDF in a form that's easy for agents to access, almost like a filing system." Le code est publié sur GitHub à jmiao24/Paper2Agent, et les auteurs revendiquent plus de 100 agents-papiers déjà générés.

Les benchmarks publiés sont serrés. L'agent AlphaGenome, produit en environ trois heures sur un ordinateur portable, expose 22 outils MCP et obtient 100 % de justesse sur 15 requêtes tutorielles et 15 requêtes nouvelles, contre 60 % puis 80 % pour un baseline Claude branché au dépôt et 40 % puis 60 % pour Biomni, avec des gains d'exécution de 1,8 à 4,6 fois selon le préprint arXiv. Les agents Scanpy (7 outils en environ 45 minutes) et TISSUE (6 outils pour la transcriptomique spatiale) reproduisent également les résultats d'origine.

Zou insiste sur l'attribution: "It's still important to attribute the final discoveries and reference them back to original papers and original human authors." Le lien MPHOSPH9-TDAH n'avait pas été rapporté auparavant, indiquent les auteurs, et n'a pas encore reçu de validation expérimentale.